Cấu trúc phân cấp và bản chất luôn thay đổi của bách khoa thư đặc biệt thích hợp khi lưu trữ trên đĩa máy tính hoặc trực tuyến, và đến cuối thế kỷ thứ 20 phần lớn những bách khoa thư quan trọng đều chuyển sang những phương pháp lưu trữ này. Việc xuất bản trên đĩa (tiêu biểu là đĩa CD-ROM) có lợi thế là chi phí sản xuất rẻ và rất tiện mang đi lại. Ngoài ra, chúng có thể chứa đựng các phương tiện không thể có được trên bản in như hoạt hình, âm thanh, và video. Siêu liên kết giữa các mục có liên quan về mặt nội dung cũng là một lợi thế nữa. Các bách khoa thư trực tuyến có lợi thế ở điểm năng động: các thông tin mới cho vào có thể được xem ngay tức thì, mà không phải chờ đến khi ra ấn bản tĩnh (trong trường hợp in trên giấy hoặc đĩa).

Thông tin trên một bách khoa thư in cần có một cấu trúc phân cấp nào đó, và thông thường thì các đề mục được sắp xếp theo thứ tự trong bảng chữ cái. Tuy nhiên với định dạng lưu trữ điện tử động, việc áp đặt một cấu trúc định sẵn là hoàn toàn không cần thiết. Thay vào đó, hầu hết các bách khoa thư điện tử cho phép sắp xếp các đề mục bằng nhiều cách khác nhau, kể cả theo chủ đề lẫn theo thứ tự trong bảng chữ cái.